清晚期青花花卉纹小杯具有一定的收藏价值，其原因主要有以下几点：

- 艺术价值较高：清晚期青花花卉纹小杯的绘画工艺精湛，画师以细腻的笔触勾勒出花卉的形态，线条流畅自然，花卉图案层次丰富，富有立体感。同时，青花发色沉稳，与洁白的釉面相互映衬，呈现出清新雅致的美感。

- 文化内涵丰富：花卉纹在传统文化中具有吉祥的寓意，不同的花卉有不同的象征意义，如牡丹象征富贵，莲花象征高洁等，这些寓意赋予了小杯更深层次的文化价值。

- 制作工艺独特：清晚期青花花卉纹小杯的制作需经过选料、制坯、绘画、上釉、烧制等多道工序，每一道工序都要求工匠具备高超的技艺。其胎质细腻致密，釉面温润光洁，体现了当时制瓷工艺的水平。

- 有一定的稀缺性：清晚期距今已有一百多年的历史，经过岁月的洗礼，保存完好的青花花卉纹小杯数量有限，尤其是品相上乘、纹饰精美的更是稀缺，这也增加了其收藏价值。